古くから北太平洋及び北東アジアの交通の要所として海運や航空において重要な位置を占め、世界的に有数の規模の海運会社や航空会社が存在し、各国を結ぶ。また、アジアにおいて最も早く鉄道を導入した国の一つであり、私鉄による鉄道網が全国を網羅している。また、高度経済成長以降、モータリゼーションが進み、道路網・高速自動車専用道路網が発達している。
- 航空
1950年代以降、日本航空が日本のフラッグ・キャリアとして国内外に路線を広げ、アフリカを除く全大陸へ就航し、現在もアジアのみならず世界でも有数の規模を誇る航空会社として知られていたが、2010年、会社更生法の適用を受けた。また、1980年代まで国内線のみを運航した全日本空輸は、現在、アジア圏を中心に欧米へ国際線を運航する。1990年代以降の規制緩和を受け、スカイマークや北海道国際航空、スカイネットアジア航空などが新規参入し、国内航空運賃の引き下げに寄与した。地方を中心に空港インフラが充実し、国内に98もの空港を有する。一方、都市部(特に関東地方)における空港インフラは、整備途上で慢性的な容量不足であり、航空運賃の低下や路線網の充実の足かせとなっている。鉄道
明治維新以降、1872年(明治5年)10月14日の新橋駅~横浜駅(現・桜木町駅)間の開通を皮切りに、国策として全国に鉄道網が急速に敷設され、日本国有鉄道(国鉄)や他の数多くの私鉄へと発展した。1970年代までに私鉄、国鉄ともに多くの路線が電化され、世界に例を見ない規模で分刻み・秒単位のスケジュールで運行され、その規模、技術、運営ノウハウ共に世界最高水準と言われる。1964年(昭和39年)に国鉄(現在のJR)によって導入された新幹線は、都市間を結ぶ高速鉄道として空路に並ぶ地位を築き、在来線と規格が異なるので全国で開通していないが、整備が続く。都市圏では、それに地下鉄やモノレールが加わる。更に、近年の環境問題の意識から路面電車が見直され、富山県などでライトレールが導入されている。2003年(平成15年)8月の沖縄都市モノレール線(ゆいレール)の開通によって全ての都道府県に広がり、2004年(平成16年)の時点での全国における総全長は、23,577 kmである。特筆すべきは、高速鉄道網による国内航空路線の置き換えを実現しつつあることで、過去にも新幹線各路線の開通に伴って平行する航空路線が順次整理されており、北海道新幹線・リニア中央新幹線の開通によって東京発着の国内航空路線は大幅に削減される予定である。道路高度経済成長以降、自動車産業の保護を目的に、国内における陸運の主力をトラックにする政策が採用されたことなどから、全国的に道路・高速道路の整備が進められた。しかし、近年、都市部を中心に慢性化した渋滞や通行料の高さ、駐車スペース確保の困難さ、環境問題への対策として、鉄道や航空機などの公共輸送、船舶輸送などが見直されている。2004年(平成16年)時点での舗装された道路の全長は、1,177,278 kmである。海運四方を海に囲まれ、欠かせない運送手段であり、沿岸部に工業地帯や人口が集中する理由でもある。日本郵船や商船三井などの世界有数の規模を持つ船会社が19世紀の後半から各国との間に貨物船や旅客船を運航してきた。現在、中東や東南アジアから石油や天然ガスなどの資源が輸入され、ヨーロッパやアメリカ合衆国へ電化製品や自動車などが輸出される。国内航路においても大小の船会社によって多数の貨客フェリーや高速船が運航される。また、造船分野においても、その技術力の高さから世界有数の規模を保つ。