日本列島の地形図。国土は全般的に山岳地帯であり、可住地面積は国土全体の約32%にとどまる（2001年10月1日時点）

6852の島（本土5島＋6847離島）から成る島国である。アジア・東アジアの中でも特に東方にあり、ユーラシアの東端にあたるため、欧米から極東・東洋などとも呼ばれる。全体的に弓形状であり、全面積は約37.8万km²（日本の実効支配領域に限る）で世界第61位である。国土の約70%が山岳地帯であり、約67%の森林率である。

太平洋の北西部にある領土は、本州・北海道・九州・四国などから成る日本列島を中心に、南に延びる伊豆・小笠原諸島、南西に延びる南西諸島（沖縄本島など）、及び北東に位置する千島列島に含まれる北方地域（北方領土）など、離島を多く含み、全体として列島#弧状列島を形成する。

最東端

東京都南鳥島 （北緯24度16分59秒・東経153度59分11秒）

最西端

沖縄県与那国島西崎 （北緯24度26分58秒・東経122度56分01秒）

「日本の最○端」のなかで唯一、公共交通機関で訪れることができる場所である。

最南端

東京都沖ノ鳥島 （北緯20度25分31秒・東経136度04分11秒）

最北端

北海道弁天島 （北緯45度31分35秒、東経141度55分09秒）（日本政府の実効支配下にある領域の最北端）

北海道択捉島カモイワッカ岬 （北緯45度33分28秒・東経148度45分14秒）（日本政府が領有権を主張する領域の最北端）

周囲を太平洋、日本海、東シナ海、フィリピン海、オホーツク海などの海洋に囲まれる。本州と四国との間の海は、瀬戸内海と呼ばれる。地上の国境線が無く、ロシア、北朝鮮、台湾、韓国、中国、フィリピン、アメリカと排他的経済水域が接している。また、南方にパラオ共和国、小笠原諸島の延長線上にミクロネシア連邦があり、太平洋を挟んでアメリカ大陸がある。沖合を暖流の黒潮、対馬海流、寒流の親潮、リマン海流が流れる。

現在、ロシアとの間に北方領土問題（択捉島、国後島、色丹島、歯舞群島）、韓国との間に竹島の領有問題がある。その他、近年になって尖閣諸島の近海に地下資源が発見されて以降、中国や台湾が尖閣諸島の領有権を主張している。現在の実効支配で言えば、北方領土がロシア、竹島が韓国、尖閣諸島が日本、となっている。

地形区分は、地質構造を基準に、本州中部を南北に縦断する糸魚川静岡構造線を境に、南西日本と東北日本とに大別される。付近では、ユーラシアプレート、フィリピン海プレート、太平洋プレート、北アメリカプレートがせめぎ合い、環太平洋造山帯・環太平洋火山帯・環太平洋地震帯と呼ばれる帯の一環をなしている。そのため、世界全体で放出される地震エネルギーのうち1割から2割が日本の周辺に集中すると言われているほど地震が頻発し、震度1や2クラス程度の地震なら、どこかで毎日のように起きている。また、火山活動が活発な事から火山性土壌が多く、これが日本列島の自然を豊かにした面もある。また、温泉が多い事も火山の恵みと言える。

河川は、利根川・最上川などが代表的であるが、大陸河川と違い、源流から河口までの距離が大変に短い事、海抜高低差が急な事もあり、比較的、流れが速い。集中豪雨が発生した時、堤防を決壊し、人家・田畑に甚大な被害を及ぼすという短所もあるが、比較的新鮮な水が取水しやすいのも特色である。

周囲を海に囲まれた島国であることから、海上交易・漁業ともに盛んな海洋国家である。内海を含む領海を入れた領域の面積は、約43万Km²、排他的経済水域を入れて約447万km²であり、領土のみの面積の11.7倍にあたる。

日本の衛星写真